1958年，中共吉安地委根据中共中央、国务院和江西省委的指示，在吉安市创办了吉安工学院、吉安农学院、吉安医学院和吉安师范学院四所高等学校。同年12月，地委决定四所学校合并，成立井冈山大学。经江西省人民委员会批准，1959年7月1日正式命名为井冈山大学。1963年7月，由于国家经济困难而停办。

历史沿革图示

历史沿革图示

1977年10月，在原井冈山大学的基础上，建立了江西师范学院井冈山分院。1982年4月，经教育部批准设立吉安师范专科学校。2000年3月，经教育部批准，吉安师范专科学校和吉安教育学院合并组建井冈山师范学院。

1978年8月，以原井冈山大学医学院为基础，建立了江西医学院吉安分院。1993年4月，经国家教委批准更名为井冈山医学高等专科学校。

1984年3月，经国家教委批准备案，创办吉安地区工业职工大学，1986年改名为吉安地区职工大学。与此同时，成立吉安地区工交干部学校。2002年4月，成立井冈山职业技术学院。

2003年7月9日，经教育部批准，井冈山师范学院、井冈山医学高等专科学校和井冈山职业技术学院合并，组建井冈山学院，同时筹建井冈山大学。2004年5月18日，中共江西省委宣布了井冈山学院的领导班子。2007年8月和9月，国家教育部、江西省人民政府分别批准井冈山学院更名为井冈山大学。2007年10月28日，举行了隆重的井冈山大学挂牌暨省部共同重点支持建设签约仪式。2010年被教育部确定为全国红色经典艺术教育示范基地，2011年学校成为国家学士学位单位开展培养硕士专业学位研究生试点工作单位，教育部“卓越医生教育培养计划”试点高校。